TY - RPRT TI - All Together Now: Joint Codon Alignment, Ohmic Networks, and Error-Controlled Selection Inference in HyPhy 3 AU - Kosakovsky Pond, S. L. AU - Weaver, S. AU - Martin, D. P. AU - Frost, S. D. W. AU - Brown, G. AU - Callan, D. AU - Chalkova, D. AU - Enard, D. AU - Lynch, V. J. AU - Sackton, T. B. AU - Verdonk, H. AU - Zehr, J. D. AU - Muse, S. V. AU - Nekrutenko, A. PY - 2026 DO - 10.64898/2026.11.06.764988 UR - https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.11.06.764988v1 ID - 10.64898/2026.11.06.764988 ER -