TY - RPRT TI - Typhi Mykrobe: fast and accurate lineage identification and antimicrobial resistance genotyping directly from sequence reads for the typhoid fever agent Salmonella Typhi AU - Ingle, D. J. AU - Hawkey, J. J. AU - Hunt, M. AU - Iqbal, Z. AU - Keane, J. AU - Afolayan, A. O. AU - Ahmed, N. AU - Andleeb, S. AU - Ashton, P. M. AU - Bogoch, I. I. AU - Carey, M. E. AU - Chattaway, M. A. AU - Crump, J. A. AU - Guevara, P. D. AU - Howden, B. AU - Izumiya, H. AU - Jacob, J. J. AU - Judd, L. M. AU - Kapil, A. AU - Keddy, K. H. AU - Kim, J. AU - Levine, M. M. AU - Morita, M. AU - Nair, S. AU - Octavia, S. AU - Okeke, I. N. AU - Osadebamwen, P. AU - Rahman, S. I. A. AU - Rokney, A. AU - Rasko, D. AU - Shamanna, V. AU - Sikorski, M. J. AU - Smith, A. M. AU - Sunmonu, G. T. AU - Tagg, K. A. AU - Wick, R. R. AU - Dyson, Z. A. AU - Holt, K. AU - Global Typhoid Genomics Consortium, PY - 2024 DO - 10.1101/2024.09.30.613582 UR - https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.30.613582v1 ID - 10.1101/2024.09.30.613582 ER -